MuPDFで注釈の読み込みができたので，書き込みもしてみた．pdf_set_annot_contentsなんてまんまな関数があったので使ってみたが，全角文字がダメ．pdf_from_ucs2ってのがあったけどこれはよくわからない．PDFはUTF-16で行けるよなぁと，無理矢理wchar_tをcharにしてぶちこんで見たがダメ．そういえばとBOMつけてリトルエンディアンになおしてpdf_set_annot_contentsに入れてみたがダメ．で，結局こうなった．

std::vector<char> buf;
buf.resize(s.length() * 2 + 3);
buf[0] = 0xFE; buf[1] = 0xFF; buf[2 * s.length() + 2] = '\0';
for (int i = 0; i < s.length(); ++i) {
    buf[2 * i + 3] = s[i] & 0x00FF;
    buf[2 * i + 2] = (s[i] & 0xFF00) >> 8;
}
pdf_dict_puts_drop(a.annot->obj, "Contents", pdf_new_string(a.document, &buf[0], 2*s.length() + 2));   

要するに「BOM付きUTF-16LEにして文字数を指定して直接書く」ということだった……．pdf_set_annot_contentsはstrlenで文字列をはかってになっていたので失敗していたようだ．UTF-16なんてcharの文字列に無理矢理なおしたら0すぐに入る物なぁ．