jlreq.clsは，pLaTeX/upLaTeX利用時には紙サイズを設定しない．さぼっているわけではなく，dviwareに関わることはしたくなかったという理由である．といっても紙サイズに関しては実質的にdviwareによらない方法が存在すると言っても間違ってはいないとは思うけど．まぁiNOUE Koich!さんのbounddviパッケージで紙サイズが設定されるようなので，そっちを呼んでもらえればよいかと思う．

もう一つ，割とみんなやっているけどやりたくないこととして，各パッケージへの個別の何か．あのパッケージを読み込むとバグるとかそういうやつ．対象にしたパッケージのその後に責任持たないとならなくなるし……．え，現在の\AtEndOfPackageFile*{amsthm}とか書いてあるのは何かって？まぁあれは特別扱いということで……．（単に自分が使いまくる範囲なので利便性のためだというのが本音……．）