#64の2のためにちょっと手を入れた．これがよいのかは悩むのだがとりあえずということで．2d4eef4を使うと，Issueにあるソースで\footnoteのリンクが消える．きちんと動かすためには，プリアンブルに次のコードを入れればよい．

\makeatletter
\renewcommand{\footnote}{\jlreq@footnote{\footnote}{\myfootnotemark}{\myfootnotetext}}
\newcounter{mycounter}
\newcommand{\myfootnotemark}[1][]{%
  \setcounter{mycounter}{\value{footnote}}%
  \setcounter{footnote}{\numexpr #1 - 1\relax}%
  \footnotemark
  \let\mysavedHref\Hy@footnote@currentHref
  \setcounter{footnote}{\value{mycounter}}%
}
\newcommand{\myfootnotetext}[2][]{%
  \edef\jlreq@result{%
    \unexpanded{\setcounter{mycounter}{\value{footnote}}}%
    \unexpanded{\setcounter{footnote}{#1}}%
    \unexpanded{\def\Hy@footnote@currentHref}{\expandonce{\mysavedHref}}%
    \unexpanded{\footnotetext{#2}}%
    \unexpanded{\setcounter{footnote}{\value{mycounter}}}%
  }%
}
\makeatother

日本語組版処理の要件 4.2.6によれば，縦組みの傍注（pLaTeX等では\footnoteで出力される）は奇数ページに出力される．また，多段組では最下段に出力される．これを実現するために，\footnoteを\footnotemarkと\footnotetextにわけて実行していた．つまり，ある偶数ページで\footnoteが実行されていて，その場所でのfootnoteカウンタの値が10だったとすると，\footnote自身は\footnotemarkに置き換えられ，次ページの先頭にて\footnotetext[10]{傍注}が実行される．

しかし，hyperrefパッケージはオプション付きの\footnotetext等をサポートしない．そのため，\footnotemarkからのリンクは貼られるが（これはオプションなしなのでhyperrefが有効），リンク先の\footnotetextへのリンクはなくなる．これが今まで失敗していた理由．

2d4eef4での変更点は以下の二つ．

• \footnotemarkもオプション付きで呼び出すようにした．
• 一連の処理をまとめた命令\jlreq@footnoteを作り，\footnoteは原則としてこれを呼び出すだけとした．

前者の変更により，\footnotemarkでもhyperrefは無効になり，リンクそのものがはられなくなる．きちんとリンクをはらせるためにはユーザ自身が設定する必要があるが，これを可能にするための作りが二番目である．（内部）命令\jlreq@footnoteは次のように使う．

\jlreq@footnote{<commandA>}{<commandB>}{<commandC>}[<number>]{<text>}

最後二つの引数[<number>]{<text>}は\footnoteの引数と同様である．\jlreq@footnoteは次のように動く．

• 横書きまたは縦書きで一段組かつtwosideオプション未指定の時（この場合上で述べたような傍注の遅延処理は行われない）は，{<commandA>}[<number>]{<text>}の実行に置き換えられる．
• そうでないときは，まずその場で<commandB>[<number>]{<text>}と<commandC>[<number>]{<text>}がこの順に実行される．さらに，<commandC>実行直後の\jlreq@resultマクロの中身を遅延実行（今まで\footnotetextが実行されていた場所での実行）する．これら二つのマクロは必ずオプション付きで実行される．（必要ならばその場でのfootnoteカウンタの値がオプションとして渡される．）
• これらの<commandA>，<commandB>，<commandC>および\jlreq@resultに入っている命令が実行される時は，\footnote，\footnotemark，\footnotetextは（jlreqなどが改変したものではなく）LaTeXオリジナルのものとして実行される．

冒頭のマクロでは，<commandB>で\footnotemarkの実行とその場でのリンク先（\Hy@footnote@currentHrefに入っている）の保存を行い，<commandC>では，保存したリンク先の復帰と\footnotetextの実行を\jlreq@resultに入れて終了する．なお，\jlreq@footnoteはfragile．