この例，思いっきり簡略化すると以下でエラーが起こるのと同様ではないかと思う．

\documentclass{article}
\begin{document}
  \halign{#\cr
  \iftrue
    A
    \cr
    X % この行がないとエラーは起こらない．
  \else
    \cr
  \fi
  \cr
}
\end{document}

これを実行すると

! Incomplete \iftrue; all text was ignored after line 7.

なるエラーが発生する．一見\iftrue，\else，\fiの釣り合いはとれているように見える．しかも「X」がないとエラーは起こらず，なんだか不思議である．

エラーの原因，次のような感じではなかろうか．まず\halignについて思い出しておこう．\halignは

\halign{<u1>#<v1>&...&<un>#<vn>\cr % テンプレート行
<A1>&...&<An>\cr % 表の中身1行目
<B1>&...&<Bn>\cr % 表の中身1行目
...
<X1>&...&<Xn>\cr
}

のように使う．これを実行すると，

<u1><A1><v1>	...	<un><An><vn>
<u1><B1><v1>	...	<un><Bn><vn>
	...
<u1><X1><v1>	...	<un><An><vn>

のような表組みがされる．

もちろん<ui>，<vi>，<Ai>にはマクロを含めることができる．このマクロ展開のタイミングは原則としては次の通り（だと思う）．追記：ZRさんのつぶやきを参考に少し訂正．（まだあまりすっきりわかってない．）

1. テンプレート行は，&と\crを目印として区切られ，内部メモリに格納される．
2. 次に<A1>を読む．まず展開のみが行われ，先頭に展開不可能なトークンが現れるまで展開が行われる．
3. <A1>を展開して得られた部分の<v1>が挿入され，トークン化，展開，実行が行われる．このとき&または\crを見たら\endtemplateという特別なトークンを挿入する．これは\outerなマクロとして扱われる．また，この部分に<v1>を挿入する．
4. \endtemplateに至ったらセルの構築を終了．
5. 以下繰り返し．

さて，最初の例をこのルールに従って追跡してみよう．

1. <A1>の先頭行は\iftrueは展開可能である．その次のAは展開できないため，ここまでで展開は終了する．
2. 次の\crまででで一行目が完成．
3. 二行目の先頭行はXであり，これは展開不可能．よって何も展開せずに終了．
4. 二行目を作るために，TeXは読み込みを進める．このとき\elseの後の\crには\outerなマクロ\endtemplateが付随していると見なされる．
5. ...X\else <\outerなマクロ>となりエラー．

「X」がない場合には，二行目の先頭行が\elseとなり，展開が進み条件分岐が先に完結するためエラーにならない．